Im Zuge der Baufeldfreimachung für den BBI war es notwendig, beim Abriss von Gebäuden und beim Fällen von Bäumen fledermauskundliche Untersuchungen zum Schutz der europaweit geschützten Kleinsäuger vorzunehmen. Insbesondere die alten Bäume wurden auf "Fledermausbesatz" untersucht, da Fledermäuse gern die ehemaligen Höhlen von bestimmten Vogelarten oder tiefere Baumrisse als Sommerquartier benutzen. Die Bäume, in denen Fledermäuse saßen, wurden entsprechend gekennzeichnet und erst gefällt, nachdem die Fledermäuse in ihre Winterquartiere umgezogen waren. Zudem wurde unter anderem das Rotberger Becken als Regenrückhaltebecken für den BBI erweitert und ökologisch so aufgewertet, dass auch den Fledermäusen ein neuer Lebensraum geboten wird.
