Der Schutz des Baumbestandes ist eines der wichtigsten Aufgabenfelder ökologischer Baubegleitung. Die Maßnahmen zur Vermeidung und Minderung des Baumstandes reichen vom Wurzelschutz durch Zäune und Lastenverteilung, über den Schutz der Baumstämme bis hin zum Einsatz von optimierten Bauverfahren. Auf diese Weise konnten drei bis zu 200 Jahre alte Eichen erhalten werden, die außerhalb des Flughafengeländes südwestlich der Ortschaft Selchow stehen. Die Eichen befinden sich direkt in dem Korridor der Ver- und Entsorgungsleitungen für den BBI. Laut technischer Planung war für die Verlegung der Leitungen eine offene Bauweise vorgesehen. Die Bäume hätten gefällt werden müssen. Statt dessen wurde jedoch ein Bauverfahren angewendet, bei dem die Rohre drei Meter tief unter den Eichen durchgebohrt wurden, so dass die alten Bäume erhalten werden konnten.
