Zum Schutz besonders gefährdeter und europaweit geschützter Amphibien wurden diese vor Baubeginn aus ihren angestammten Lebensräumen eingesammelt und in neu angelegte Ersatzgewässer umgesiedelt. Bereits im Jahr 2005 haben die Berliner Flughäfen vier Ausgleichsgewässer außerhalb des Flughafengeländes in enger Abstimmung mit den Naturschutzbehörden angelegt. Mehrere tausend Amphibien haben die Ökologen insgesamt umgesiedelt, darunter Knoblauch- und Erdkröten, Moorfrösche, Lurche sowie andere Froscharten, die in den Teichen gefunden worden. Für die Umsiedlung war ein Zeitraum von drei Jahren vorgesehen. Die Gewässer auf dem Baufeld sind inzwischen nahezu vollständig abgefangen, die Umsiedlung ist erfolgreich verlaufen. Die Entwicklung der Amphibien in den Ausgleichsgewässern steht weiterhin unter ständiger ökologischer Beobachtung.
